С 1998 по 2000 год "Зенит-2" являлся дублирующим составом «Зенита» и выступал во втором дивизионе (зона "Запад"). После создания турнира дублёров, был образован фарм-клуб, дебютировавший во втором дивизионе в 2001 году под названием "Локомотив". С июня 2001 года она называлась "Локомотив-Зенит-2". С 2002 года — "Зенит-2". До 2004 года являлась фарм-клубом команды «Зенит». С 2005 года выступает как самостоятельная команда. В сезоне-2008 занял последнее место в западной зоне Второго дивизиона и лишился статуса профессионального клуба. Вместо "Зенита-2" в состав ПФЛ был принят клуб "Смена-Зенит". В 2013 году команда вновь заявлена во второй дивизион.