Футбольный клуб «Сахалин» был создан в мае 2004 года.
С начала своего создания ФК «Сахалин» выступал в первенствах Сахалинской области и III лиге Дальнего Востока среди любительских команд. В 2007 году ФК «Сахалин» был принят в Ассоциацию «Профессиональная футбольная Лига» и начинает выступать как нелюбительский футбольный клуб.
По итогам сезона 2013/14 годов впервые в своей истории клуб добился права играть в первом дивизионе.